Chemical elements
  Cadmium
    Isotopes
    Energy
    Production
    Application
    Physical Properties
    Chemical Properties
    PDB 1a4k-1exq
      1a4k
      1a5z
      1aaz
      1aew
      1aiz
      1aqb
      1aw6
      1aw9
      1axs
      1bhq
      1c1j
      1c47
      1c6r
      1ca1
      1cdp
      1cf8
      1cfz
      1cld
      1con
      1crb
      1cvm
      1cyi
      1cyj
      1d5b
      1d5i
      1d66
      1d6v
      1d7b
      1d7c
      1d7d
      1dat
      1dcd
      1dfs
      1dft
      1dl5
      1dmc
      1dmd
      1dme
      1dmf
      1dpe
      1ds8
      1dv3
      1dyp
      1ee3
      1ell
      1elm
      1esf
      1et7
      1eu1
      1exq
    PDB 1f48-1ihu
    PDB 1ii0-1mhu
    PDB 1mms-1qvg
    PDB 1qy0-1wb6
    PDB 1wje-2avp
    PDB 2b3p-2j6e
    PDB 2jdz-2x05
    PDB 2x09-3ccj
    PDB 3ccl-3ggf
    PDB 3h1u-3p5v
    PDB 3p5w-8ice

Cadmium in the structure of The Three-Dimensional Solution Structure of Callinectes Sapidus Metallothionein-I Determined By Homonuclear and Heteronuclear Magnetic Resonance Spectoscopy (pdb 1dmd)






The binding sites of Cadmium atom in the structure of The Three-Dimensional Solution Structure of Callinectes Sapidus Metallothionein-I Determined By Homonuclear and Heteronuclear Magnetic Resonance Spectoscopy (pdb code 1dmd). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Cadmium atom.
The 1dmd structure was solved by S.S.NARULA, M.BROUWER, Y.HUA, I.M.ARMITAGE, with NMR in Solution technique.


Cadmium Binding Sites:

Cadmium binding site 1 out of 3 in 1dmd


Cadmium binding site 1 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
stereopicture of Cadmium binding site 1 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Cadmium in the PDB 1dmd. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Cadmium atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys6, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Pro25, A: Cys26, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd102, A: Cd106,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97
CdSG A:Cys64.32
CdHB2 A:Cys123.54
CdCB A:Cys123.55
CdHB3 A:Cys123.75
CdSG A:Cys122.52
CdH A:Cys124.60
CdCA A:Cys124.94
CdO A:Cys184.05
CdHB2 A:Cys183.86
CdN A:Cys184.83
CdCB A:Cys183.59
CdHB3 A:Cys184.54
CdHA A:Cys182.82
CdSG A:Cys182.52
CdC A:Cys184.32
CdCA A:Cys183.62
CdCG2 A:Thr213.83
CdHG21 A:Thr213.25
CdHG22 A:Thr213.52
CdHG23 A:Thr214.19
CdH A:Thr214.93
CdHB2 A:Cys223.31
CdN A:Cys224.45
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys224.32
CdSG A:Cys222.52
CdH A:Cys224.29
CdCA A:Cys224.56
CdC A:Lys244.90
CdO A:Lys243.81
CdHA A:Pro254.47
CdHB2 A:Cys264.24
CdN A:Cys264.84
CdSG A:Cys264.84
CdH A:Cys263.87
CdHB2 A:Cys293.96
CdCB A:Cys293.49
CdHB3 A:Cys293.23
CdHA A:Cys294.90
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys294.91
CdCA A:Cys294.79
CdHD2 A:Pro304.48
CdCD A:Cd1024.04
CdCD A:Cd1063.97

interactive model:


Cadmium binding site 2 out of 3 in 1dmd


Cadmium binding site 2 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
stereopicture of Cadmium binding site 2 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 2 of Cadmium in the PDB 1dmd. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Cadmium atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Cys12, A: Cys18, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Cys12, A: Thr14, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Cys22, A: Pro25, A: Cys26, A: Ser27, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Pro25, A: Cys26, A: Ser27, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Lys11, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Cys6, A: Lys11, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Cys12, A: Glu17, A: Cys18, A: Ser19, A: Lys20, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys29, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Lys11, A: Cys12, A: Cys26, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd106,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15
CdHB2 A:Pro24.69
CdCB A:Pro24.69
CdHB3 A:Pro23.78
CdO A:Cys64.68
CdHB2 A:Cys64.35
CdCB A:Cys63.52
CdHB3 A:Cys63.30
CdHA A:Cys64.10
CdSG A:Cys62.51
CdC A:Cys64.96
CdCA A:Cys64.37
CdHB2 A:Cys103.41
CdCB A:Cys103.55
CdHB3 A:Cys104.47
CdHA A:Cys103.57
CdSG A:Cys102.52
CdCA A:Cys104.12
CdH A:Lys114.89
CdHB2 A:Cys124.51
CdSG A:Cys124.56
CdH A:Cys124.51
CdHB2 A:Cys262.94
CdN A:Cys265.00
CdCB A:Cys263.91
CdHB3 A:Cys264.07
CdSG A:Cys264.78
CdH A:Cys264.43
CdCA A:Cys264.99
CdO A:Cys284.59
CdHB2 A:Cys283.50
CdN A:Cys284.33
CdCB A:Cys283.59
CdHB3 A:Cys284.52
CdSG A:Cys282.51
CdH A:Cys283.90
CdC A:Cys283.79
CdCA A:Cys284.12
CdHB2 A:Cys294.56
CdN A:Cys293.18
CdCB A:Cys293.70
CdHB3 A:Cys294.13
CdHA A:Cys293.62
CdSG A:Cys292.53
CdH A:Cys292.86
CdCA A:Cys293.72
CdCD A:Cd1014.04
CdCD A:Cd1064.15

interactive model:


Cadmium binding site 3 out of 3 in 1dmd


Cadmium binding site 3 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
stereopicture of Cadmium binding site 3 out of 3 in 1dmd
Click to enlarge
Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 3 of Cadmium in the PDB 1dmd. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Cadmium atom, shown by VdW sphere
Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys26, A: Ser27, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Lys5, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Lys5, A: Cys6, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys10, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys26, A: Ser27, A: Cys28, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys10, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Cys6, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Lys24, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys10, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cys10, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Lys5, A: Cys6, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys10, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Glu17, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Cd102, A: Cys12, A: Ala13, A: Thr14, A: Lys15, A: Cys18, A: Pro25, A: Cys29, A: Pro30, A: Cd101, A: Pro2, A: Cys3, A: Lys5, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102, A: Pro2, A: Cys3, A: Lys5, A: Cys6, A: Cys10, A: Cys12, A: Thr21, A: Cys22, A: Cys26, A: Cys29, A: Cd101, A: Cd102,

conact list:


AtomAtomDistance (A)
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15
CdHB2 A:Pro24.63
CdCB A:Pro24.74
CdHB3 A:Pro24.41
CdC A:Pro24.53
CdCA A:Pro24.46
CdHA A:Pro23.73
CdHB2 A:Cys34.71
CdN A:Cys33.59
CdCB A:Cys33.80
CdHB3 A:Cys33.84
CdSG A:Cys32.56
CdH A:Cys32.65
CdCA A:Cys34.32
CdHB2 A:Cys63.09
CdN A:Cys64.82
CdCB A:Cys63.39
CdHB3 A:Cys63.93
CdHA A:Cys64.80
CdSG A:Cys62.51
CdH A:Cys64.74
CdCA A:Cys64.61
CdCG2 A:Thr214.68
CdC A:Thr214.88
CdHG21 A:Thr214.59
CdO A:Thr214.55
CdHG22 A:Thr213.90
CdOG1 A:Thr214.46
CdHB2 A:Cys224.15
CdN A:Cys224.99
CdCB A:Cys223.57
CdHB3 A:Cys223.34
CdHA A:Cys224.97
CdSG A:Cys222.50
CdCA A:Cys224.76
CdHB2 A:Cys263.47
CdCB A:Cys263.62
CdHB3 A:Cys264.02
CdSG A:Cys262.54
CdH A:Cys264.64
CdCA A:Cys264.94
CdSG A:Cys294.30
CdCD A:Cd1013.97
CdCD A:Cd1024.15

interactive model:




© Copyright 2008-2012 by atomistry.com